После неудачных попыток Императорского Российского Правительства восстановить церковь Святителя Николая Чудотворца в Мирах Ликийских Императорское Православное Палестинское Общество решило учредить в 1911 году Барградский комитет под покровительством Императора Николая II. Целью комитета было устроить в Бари подворье Общества для нужд русских паломников, стекавшихся к мощам одного из самых почитаемых на Руси святых — святителя Николая Чудотворца, — покоящихся в базилике Святого Николая.
Средства на строительство подворья собирали по всей России: по Высочайшему повелению во всех храмах Российской Империи в оба праздника святителя Николая Чудотворца (весенний и зимний) устраивали тарелочный сбор «на Барград». Кроме того, комитету были переданы средства (246 500 рублей), собранные ранее на храм в Мирах Ликийских, 10 000 рублей от Императора Николая II и 3000 рублей от Великой Княгини Елизаветы Феодоровны как председательницы Палестинского Общества. В начале 1911 года комитет послал в Бари миссионера протоиерея Иоанна Восторгова, который 20 января (2 февраля) приобрёл у госпожи Скорча для подворья участок земли площадью 1,2 гектара. Весной того же года в город прибыли член комитета князь Николай Жевахов и архитектор Владимир Покровский.
Проект к весне 1912 года составил знаток древнерусского храмового зодчества Алексей Щусев. В марте 1913 года в Бари прибыла строительная комиссия в составе иерея Христофора Флерова, протоиерея Николая Федотова, архитектора Всеволода Субботина и смотрителя работ И. Д. Никольского. Фундамент храма был заложен 9 (22) мая 1913 года. Строительство под руководством инженера Н. Рикко шло быстро. 24 декабря 1913 (6 января 1914) года на территории строительства была освящена деревянная церковь. В марте 1914 года здания были уже подведены под крышу.
В июне-июле 1914 г. Бари посетил Князь Императорской Крови Олег Константинович (через год погиб на войне), который, вникнув в дело, предложил по возвращению в Россию Палестинскому Обществу внести некоторые поправки в утвержденный проект.
Летом 1914 года подворье открыло временный приют для паломников, рассчитанный на 20—30 человек, который с началом Первой мировой войны стал выполнять функции беженского пункта. В связи с событиями в Европе предполагавшееся освящение храма в декабре не состоялось, однако работы продолжались: к январю 1915 года был закончен нижний, «тёплый» придел храма.
После русской революции 1917 года поток русских пилигримов иссяк, и греческая православная община стала более многочисленной, чем российская. Именно благодаря грекам 21 июля 1921 года был освящён нижний придел в честь особо чтимого ими святителя Спиридона Тримифунтского. Тогда же была разобрана деревянная церковь.
В 1926 году права на подворье заявило ленинградское Палестинское Общество, получившие удостоверение тождества от советского Посольства в Риме. Однако князь Жевахов оспорил притязания советского правительства в городском суде и выиграл тяжбу. Храм остался в ведении Русской Православной Церкви Заграницей. Решение суда было оспорено; апелляция была рассмотрена Королевским судом в Риме, который предписал князю вернуть подворье советскому Палестинскому Обществу. В связи с этим или по другим причинам в 1937 году князь Жевахов своевольно продал городским властям всю русскую церковную недвижимость в Бари, построенную на народные пожертвования. С тех пор Барградское подворье перестало быть собственностью России и Русской Православной Церкви. Городские власти обязались содержать православного священника за свой счёт, что делают до настоящего времени. Храм был передан в безвозмездное пользование православной общине, странноприимный дом был переоборудован под детский сад и богадельню.
28 сентября 1947 года храм перешёл в юрисдикцию Западноевропейского экзархата русских приходов Константинопольского Патриархата. 21 мая 1955 года верхний храм был освящён епископом Мессинским Сильвестром (Харунсом). C 1969 года, с учётом экуменистической политики Второго Ватиканского собора, «в знак дружбы, уважения и глубокого союза с православными», православным было предоставлено право совместно с католиками служить в крипте базилики Святого Николая. В марте 1970 года община вновь перешла в юрисдикцию Русской Православной Церкви Заграницей, а в 1977 году храм был непосредственно подчинён Архиерейскому Синоду Русской Православной Церкви Заграницей.
В связи с увеличением числа паломников из России возникла необходимость пересмотра правил пользования храмом. Муниципалитет предложил в 1996 году создать соответствующую комиссию, которая ни разу не собралась. 23 ноябре 1998 года был подписан договор с городскими властями, по которому Московскому Патриархату был передан верхний храм и один этаж странноприимного дома. Нижний остался в юрисдикции Русской Православной Церкви Заграницей.
5 апреля 2001 года Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II принял в своей рабочей резиденции в Свято-Даниловом монастыре мэра города Бари Симеоне ди Каньо Аббреша. Было достигнуто соглашение о передаче Русской Православной Церкви так называемых «Царских покоев» — паломнического комплекса, примыкающего к Никольскому храму. Соответствующие дополнения были внесены в соглашение о сотрудничестве между Русской Православной Церковью и властями города Бари, подписанное 23 ноября 1998 года.
14 марта 2007 года в ходе визита российского Президента Владимира Путина в Бари были проведены переговоры о передаче русского храма Русской Православной Церкви. Официальная церемония должна была состояться 6 декабря 2008 года, но смерть Патриарха Алексия II в Москве задержала церемонию. Церемония передачи церкви состоялась 1 марта 2009 года в присутствии Президента Италии Джорджо Наполитано и Президента Российской Федерации Дмитрия Медведева. 23 января 2012 года состоялась официальная окончательная передача России здания подворья.
Верхний храм, Подворье Русской Православной Церкви в Бари, находится в непосредственном ведении Патриарха Московского и всея Руси, а нижний храм занимает Русская Православная Церковь Заграницей.
Настоятель Подворья – протоиерей Вячеслав Бачин.