Построен в память об Императрице Марии Александровне, супруги Императора Александра II на средства Императорской Семьи. Освящен в 1888 году в честь святой Марии Магдалины. С 1921 года в храме хранятся мощи святых преподобномучениц Великой Княгини Елизаветы Феодоровны и инокини Варвары.
Строительство храма в память императрицы Марии Александровны было предложено начальником Русской духовной миссии в Иерусалиме архимандритом Антонином (Капустиным).
Он же предложил участок для возведения церкви на склоне Елеонской горы. К осени 1882 года земля была куплена. Архитектор Давид Гримм составил проект, и церковь была заложена 21 января 1885 года. Вело строительный проект Императорское православное палестинское общество под наблюдением и руководством архимандрита Антонина. Сами работы по строительству храма вели иерусалимские архитекторы Конрад Шик, а затем Георгий Франгия. На сооружение храма Император Александр III внёс 100 тысяч рублей, его четверо братьев — по 15 тысяч; Великая Княжна Мария Александровна — 5 тысяч рублей. Патриарх Иерусалимский освятил храм 1/13 октября 1888 года в присутствии Великих Князей Сергея Александровича и Павла Александровича и Великой Княгини Елизаветы Феодоровны.
В январе 1921 года в церкви были погребены доставленные из России через Китай тела мученически погибших в 1918 Великой Княгини Елизаветы Феодоровны (внучки английской Королевы Виктории) и её келейницы Варвары. Погребение совершал Патриарх Иерусалимский Дамиан.
В склепе под храмом похоронена Принцесса Алиса Баттенберг, мать Принца Филиппа, Герцога Эдинбургского, супруга Королевы Елизаветы II.
В 1934 году при церкви была основана женская община во имя Воскресения Христова. Основательницей стала новообращенная в православие богатая шотландка Стелла Робинсон (в монашестве Мария). Она же стала и настоятельницей в 1936 году. Часть сестер поселилась непосредственно у храма, в русской части Гефсиманского сада. Здесь общине удалось наладить ежедневное богослужение и монашескую жизнь, в т.ч. с помощью хороших связей настоятельницы с английскими властями подмандатной Палестины. Другая часть сестер поселилась в Вифании, где была создана Русская школа для детей православных арабов и больница. Первая настоятельница умерла в 1969 году, с 1970 настоятельницей стала матушка Варвара (Цветкова). В 1988 году гефсиманская община получила статус монастыря.
Храм является главной церковью Гефсиманского женского монастыря и принадлежит Русской духовной миссии РПЦЗ.